第三世界篇
上篇说到了巴兹、雷娜、法斯拉、可露儿打败了艾克斯迪司回到了现世界。但艾克斯迪司并没有真正灭亡，而水晶也碎了，接下来会发生什么事情呢？我们再次进入冒险旅程。
众人醒来后，发现已经回到了现世界。首先进入泰空城，此时受到大臣很隆重的欢迎。大臣认出了法斯拉，并帮她换上漂亮的衣服，巴兹看见了立刻就脸红了（原来他喜欢姐姐？）。宴会开始后，众人开始跳舞，那帮跳舞的人会挡住去路，所以巴兹无论如何也走不到雷娜和法斯拉的身边。从下边的阳台出去，和可露儿谈话，两人决定出去调查如何回到异世界。在城门口撞上到一个情报士兵，他告诉主角西方的海川有了桥便可以通过。巴兹突然想起受伤的陆路行鸟波可，或许它还在西边的海贼洞穴里。
过了桥来到海贼洞穴里，果然波可出来迎接，它带了另一只陆行鸟可可给大家介绍，而那只居然是它的夫人...有了陆行鸟便可去更多的地方，波可可以走过浅河的。从泰空城右下方的浅河过去，然后一直往左上方绕来到死亡谷，穿过死亡谷时突然掉入一个洞穴，洞里的地面突然出现两个角，原来那是怪物BOSS战。胜利之后，洞口垂下一根绳子来，可上边的人仿佛有意戏弄巴兹似的，总是不让他抓着。最后终于上去了，原来是法拉斯，于是法拉斯加入了队伍，一起冒险。
然后一下往左下绕，原来这里是吉多祠堂，这个岛不是已经深入海底了吗，怎么会出现在这里？不管先进去看看，进入里面发现吉多四角朝天仰着，它告诉大家世界之所以变成现在这个样子，是因为两个世界原本就是一个世界。了解了前因后果后，突然可露儿晕倒，艾克斯迪司突然出现，接着泰空城上次出现了一个次元夹缝。而此时众人受到艾克斯迪司的攻击，被弹飞祠堂。
众人发现被弹到了古代图书馆前，
吉多得知这居然是古代图书馆，不禁喜笑颜开，因为打倒艾克斯迪司的书就在里边沉睡着。吉多命学者们将两本分开了的封印之书合在一块，告知巴兹书会指引前进的道路。得到封印之书，然后照着书的指引，众人金字塔出发。出发前可以到图书馆上层与右边的学者对话学会“魔力之歌”，并可以拿到最右边的书。
然后来到流沙沙漠，发现这里的沙已经不会流动了。可以到下面的村子整理一个装备，然后进入金字塔，这里有很多机关，仔细一点就可以拿到所有的宝箱和前进了。来到一个地板会变动的房间，只要掌握好地板的变化，另外要有一个盗贼，这样不但可以看到隐藏的通道，而且可以冲击加快行走的速度。进入最里部拿到第一块石板，此时金字塔发生震动，半岛下沉，接着巴哈姆特出现，说在北山等着众人。
往回走的路中途经长老树，遇到了把蕾娜和飞龙。不过此时蕾娜已被美留姬奴附身，开始攻击起同伴来。与此同时，次元夹缝里的魔物已经全部成为艾克斯迪司的手下，他为了报复吉多，将古代图书馆摧毁。在众人仍被被操控的蕾娜攻击着，在这千钧一发的时刻，飞龙冲过来把附身的魔物赶了出来，BOSS战。美留姬奴会随时改变属性弱点，可以先用黑魔法使其睡眠，然后用3级魔法打她，一开始时她的弱点是火。
众人坐上船，发生剧情。艾克斯迪司正在操纵“无”的力量，这样导致众多的地方被次元夹缝吞没。回到封印之城库扎，跟门前右边的学者对话，会有一个回复瓶。之后一直往里走发现石台，把得到的石板放上去就可以解封3件神器，之后如果取得其它的石板也可以来解封神器。
接着来到孤岛神殿，打败守卫后就可以进入。里面的BOSS同样不能使用全体魔法进行攻击，第二石板的封印解除后，究极的魔法也能够使用了。其封印在新月岛上，进入两岐塔，里面要同时取得魔法，右边是力之塔，里面不能使用魔法，左边是魔之塔，物理攻击是不能选择的，拿完魔法后新月基地便会出现在地图上。
进入基地后发现西德被困在里面，他把飞空艇改造到拥有潜水功能，去拿第三石板吧！出来基地后潜入海底，然后稍往右上角走，再次打败石像魔进入大海沟。这里的路基本是单线的。进入里面还有一个矮人王国，在这里可以买到好装备哦。进入底层打败BOSS后取得第三块石板。
骑上黑陆行鸟来到世界地图右上角的沙漠，这里有一片小树林，是唯一可来这里的交通工具黑陆行鸟的着陆点。在东北的北山。在最后的地方遇到巴哈姆特，打赢它便可获得作为召唤兽的它，记得让自己状态以应付巴哈姆特强力的魔法。之后来到西南角塔里。
这个塔非常高，所以层数也非常多，但是每个迷宫却很小，在后作FF VI的狂信者之塔和FF VII的神罗大楼以及FF
VIII的沙漠监狱也延续了这种布局。塔的迷宫只迷在一点：那就是基本上每一层都只能看到入口和墙壁，往上的通路被隐藏起来，需要在墙上调查。一般墙壁上有两处可以调查的地方，一个是正路，另一个是敌人，所以就要你碰运气选了...
入隐藏楼梯前必须和怪物作战。上到30层会发现飞龙，它为了帮助蕾娜尽了最后的力量，此时它也已知道自己命不久矣，纵身跳下塔去。……
第四石板在西北的海底洞穴，里面要和海洋王战斗，胜利后就能得到它的力量！取得四块石板，便可以拿到封印之城的全部神器了，现在，要进入决战的时刻了！来到被毁灭的泰空城上空后就会进入次元狭缝，飞空艇停留在有水的沙漠前，次元狭缝里就是这么古怪。若想回到现实世界，用魔法转移或原路返回至飞空艇即可。通过简单的沙漠和遗迹后来到了时间停止的海市蜃楼村，从这里进入大森林后来到黑暗洞穴，再到达古代图书馆，接着会到达黑暗之塔并最终到达黑暗之城。
次元城里的道路很难找到，基本都隐藏起来的，没玩过SFC版本的玩家可能会有点困难，在监狱里能救出一个女人，跟着她就能到达王座，而刚才的女人竟然是这里的城主，击败她后就能继续前进了。在最后的次元夹缝里，又和基加美修见面了，打败他后他会彻底的醒悟过来，牺牲了自己使主角们到达了最终的地点，在那里，艾克斯迪司等着主角，第一战他会使用魔树形态，他使出了黑暗之力把主角们带到了黑暗空间里，在那里，主角们的全部力量都被吸光了，在最后的光头，原来的光之四战士和国王的灵魂出现了，他们把黑暗之力给抵挡住，乘着现在，主角们和艾克斯迪司展开了最终的决斗，这里他有两个形态，只要小心第二场战斗就行了，胜利后，也迎来了我们的大结局。
